Analiza transkryptomu pozwala na jednoczesne śledzenie zmian ekspresji tysięcy genów, w praktyce nawet wszystkich aktywnych genów organizmu. Mimo że jest to technika stosunkowo niedawna, uzyskano już za jej pomocą wiele obiecujących wyników. Prześledzono między innymi zmiany ekspresji genów w komórkach nowotworowych, w procesach starzenia się, w odpowiedzi na zmiany stężenia substancji odżywczych w podłożu itp. W najbliższych latach można się spodziewać lawinowego wzrostu ilości danych uzyskanych tą metodą. Techniki genomiki funkcjonalnej produkują ogromne ilości danych, w których przetwarzaniu istotną rolę odgrywa bioinformatyka. Dane takie uzyskane na przykład z mikromacierzy gromadzone są w bazach danych, poddawane obróbce statystycznej oraz innym technikom analitycznym. Dużą role w analizie eksperymentów genomiki funkcjonalnej odgrywają metody klasyfikacji (taksonomii) numerycznej. Pozwalają one na wyodrębnienie grup genów zachowujących się w podobny sposób w badanych układach, a także pomagają klasyfikować badane komórki lub organizmy. W medycynie możliwe jest na przykład klasyfikowanie różnych typów nowotworów na podstawie zachodzących w nich zmian w ekspresji genów – genomika funkcjonalna staje się nowym narzędziem diagnostycznym, pozwalającym na całościowy wgląd w procesy zachodzące w komórce.